Комендантское кладбище - одно из старейших в Санкт-Петербурге. Первое захоронение на нем произошло в 1720 году, когда здесь был погребен первый обер-комендант Петропавловской крепости генерал-лейтенант Роберт Брюс (1668-1720; комендант с 1704), потомок шотландских королей и сподвижник Петра I. С этого времени берет начало традиция хоронить возле Петропавловского собора комендантов крепости, скончавшихся на этом посту, к какому бы христианскому вероисповеданию они не принадлежали. Участок для их погребения был выделен у алтарной части (у восточной стены) Петропавловского собора. Всего с 1703 по 1917 год в крепости сменились 34 коменданта и обер-коменданта, 19 из них погребены на Комендантском кладбище. В XVIII веке коменданты Петропавловской крепости являлись одновременно и военными комендантами Петербурга, позже они выполняли в основном военно-хозяйственные и церемониальные функции.
В 1841 году кладбище было огорожено железной решёткой. В 1970-х гг. произведено археологическое исследование Комендантского кладбища (руководитель В.А. Грач). В 1969-1983 годах произведены реставрационные работы и благоустройство кладбища по проекту архитектора И.Н. Бенуа и инженера Е.А. Комаровой. В ходе этих работ все надгробия были установлены на новые цоколи в соответствии с местами захоронений. Разрушенные склепы восстановлены из кирпича и перекрыты сводами. Не сохранившиеся надгробия М.О. Чемезова (комендант в 1720-1723), Я.Х. Бахмиотова (1723-1725), В.Н. Данилова (1912-1914), а также сильно пострадавшие надгробия Г.Д. Есипова (1732-1734) и Н.И. Зиновьева (1764-1773) были сделаны заново из известнякового камня по сохранившимся фрагментам.
Территория кладбища спланирована в трех уровнях, в соответствии с хронологией захоронений, при этом могилы сгруппированы по времени. Надгробия XVIII века расположены напротив центра восточной стены собора на самом нижнем (первоначальном) уровне. Снятый при этом культурный слой позволил раскрыть и отреставрировать фрагмент восточного фасада Петропавловского собора. Захоронения XIX века находятся на среднем уровне в южной части кладбища, а могилы XX века - на современном уровне, в северо-западной части.
